Dans son analyse du budget 2016 de l'État rendue publique le 31 mai, la Cour des comptes balaie notamment les crédits afférents à la mission santé, à savoir le programme 204 consacré à la prévention, à la sécurité sanitaire et à l'offre de soins, ainsi que le programme 183 centré sur la protection maladie et notamment l'aide médicale d'État (AME). Sur ces deux points santé, le rapport (à télécharger ci-dessous) déplore la persistance d'hypothèses de budgétisation "…