Dans son point de situation quotidien du 17 mars, l'ARS Bourgogne-Franche-Comté invite les hôpitaux de la région à activer le stade 2 de leur plan blanc. Plusieurs établissements l'avaient déjà activé, dont le CHU de Besançon (Doubs) et l'hôpital Nord-Franche-Comté, basé à Trévenans (Territoire de Belfort) situés à proximité du foyer épidémique alsacien. Le CHU de Dijon (Côte-d'Or) avait également procédé au passage au niveau supérieur en raison de l'arrivée en stade 3 de l'épidémie.

L'ARS précise que les tests de dépistage "sont désormais réservés aux patients hospitalisés, personnes à risques, personnels soignants et premiers patients d'un regroupement de personnes vulnérables". Santé publique France assure, en effet, une surveillance de type syndromique à ce stade de l'épidémie.